成套有機肥料生產流程主要包括：發酵系統、干燥系統、除臭除塵系統、粉碎系統、配料系統、混合系統、造粒系統、篩分系統和成品包裝系統組成。
　　其次，復雜一點的的有機肥料生產工藝流程為：有機肥原料（動物糞便、生活垃圾、枯枝爛葉、沼渣、廢棄菌種等）發酵后進入半濕物料粉碎機進行粉碎，然后加入氮磷鉀等元素（純氮、五氧化二磷、氯化鉀、氯化銨等）使所含礦物元素達到所需標準，然后有攪拌機進行攪拌，再進入造粒機制顆粒，出來后烘干，通過篩分機篩分，合格產品進行包裝 ，不合格的返回造粒機進行造粒。 　　整個生產流程所使用的主要有機肥設備分別有：翻拋機、粉碎機、鏟車料倉、配料機、攪拌機、造粒機、烘干冷卻機、引風機、篩分機、包膜機、成品料倉、成品肥料打包機組成。 　　目前常見的有機肥料配置產量為：年產五千噸至年產十萬噸，其次成品肥料可分為粉狀與顆粒狀，用戶可根據成品物料與產量的需求來選擇適合的成套有機肥料生產設備。